"Aplicación adicional"? de que se supone que hablamos?
Con PHP puedes enviar un documento PDF o Word o cualquier tipo (formato MIME) hacia el "cliente" (tu navegador). El navegador así tenga configurado sus "plug-in" o asociaciones en sus MIME (formatos) así abrirá la aplicación que ese PC tenga instalada para ver/editar ese tipo de documentos. Una vez el documento en el "cliente" PHP ya pierde el control sobre el mismo (= no podrás guardar los cambios en el servidor sin iniciar un proceso de "Upload" de ese archivo al servidor).
Sólo en PHP bajo windows y usando COM (
www.php.net/com) podrías llegar ainteractuar con la aplicación que abres (alguna del Office por ejemplo) .. mandarle el dato (tu documento) a ver/editar e incluso guardar en el servidor (de donde lanzastes el archivo) al mismo servidor.
Un saludo,