Necesitarías crear tu cliente ftp a través de sockets para conectarte, no es cosa dificl, te mando unos ejemplos
http://www.csharphelp.com/archives/archive9.html http://www.codeproject.com/csharp/ftp.asp
una vez que tengas tu librería, te conectas y extraes todos los archivos necesites a una ruta temporal, haces lo que necesitas y luego eliminas el temporal.
Salu2