Las funciones que mencionas sólo ayudan a "escapar" caracteres como espacios .. ñ .. caracteres con acentos y algunos más cuando pasas datos por el URL .. normalmente cuando de un script PHP generas un link a otro tipo:
Código PHP:
$variable="algo con espacios acéntós y )( caracteres = ? '";
header ("Location: nose.php?variable=".url_encode($variable));
pero nada más .. Si tu dices usar un formulario .. eso ya queda cubierto normalmente por el uso de "magic_quote_gpc" (a ON) de tu php.ini .. o bien lo hace tu servidor HTTP directamente y sobre todo es parte de la codificación del formulario que usas ...
Un saludo,