Para puertos serie:
El API Java Comms:
http://java.sun.com/products/javacom...s_guide_3.html
Y una implementacion para windows:
http://www.rxtx.org/
El tema de USB parece estar bastante mas verde, y las implementaciones en Windows parecen incompletas. Java USB en google te da una idea de como estan las cosas.
http://javaboutique.internet.com/articles/java_usb_api/