Nonono, cambiar un header.php entero para que tenga otro skin es quedarse en el diseño web del año 95. Lo que tenes que hacer es cambiar los archivos .css segun lo que elija el visitante. Podes hacer esto con PHP (necesita recargar la pagina) o con Javascript (instantaneo), con la contra que notodos tienen javascript habilitado. Para lograr esto te recomiendo leer este articulo de "A List Apart" que al final te da un ejemplo con todo el codigo encesario. El articuloe sta en ingles, pero con un traductor de google no deberias tener problemas para entender la idea principal.
Alternative Stylesheets
PD: Trata de no crear 2 temas preguntando lo mismo, porque la gente que responde en uno se pierde lo que dicen en el otro, y esto puede servirle a mucha gente mas ;)