La forma correcta de añadir un script a un documento es mediante DOM, asi:
Código:
tuScript= document.createElement("script");
//pudiendo añadir un archivo Js externo asi:
// tuScript.src="bla.js";
//o bien directamente el codigo:
tuScript.innerHTML=ElCodigoJavascript;
document.head.appendChild(tuScript);
Para ésto, tendrias q diferenciar el simple HTML del JS en tus "plantillas", una solucion q se me ocurre, aprovechando las capacidades del AJAX, es usar archivos XML en ves de "HTML con JS dentro", algo asi:
Código:
<elJavascript>
function loquesea() {
document.getElementById('algo').style.visibility = "hidden";
}
</elJavascript>
<elHTML>
<a href="#" onclick="loquesea();">Click</a>
</elHTML>
(
tuplantilla.xml)
Mediante AJAX, obtienes el XML (usar responseXML en ves de responseText), y añades cada cosa a su lugar, elJavascript al HEAD y elHTML a tu DIV.
Saludos, hex.