Bueno ya lo he arreglado, el problema estaba en las comillas simples:
Código PHP:
fwrite($fp,$archivo,strlen($archivo));
fputs($fp,"\r\n");
Código PHP:
fwrite($fp,$archivo."\r\n",strlen($archivo."\r\n"));
Así funciona, pero aun no se el porque?? Si alguien tiene idea? Siempre utilizo las comillas simples para las cadenas pero para el \r\n tengo que ponerlo con comillas dobles para que funcione