Bajas un video en VCD??? es decir, bajas un mpeg-1 o un .dat supongo, o qué formato de archivo bajas???
"Cuando haces un montaje" te refieres a que editas y al hacerlo estos programas dividen el archivo, o a que editas y al exportar te lo separa???
No me quedó muy clara la cuestión?
De todas maneras puedes multiplexar los dos archivos resultantes con el TMPGEnc y quedarte con un solo archivo.