Pues no me quedo claro la estructura de tu tabla pero por ejemplo
Código PHP:
<?
$res = mysql("select tabla.id from tabla1,tabla2, where tabla2.id = tabla2.id");
$row = mysql_fetch_row($res);
//verificamos si encontro algo
if($row >0)
echo "Existe relacion";
else
echo "No existe relacion entre tabla1 y tabla2";
?>
Saludillos.