¿Por qué no le pones una contraseña inicial a ese .exe? Con Flash y actionScript se puede, es muy fácil. Si la contraseña entrada no es la válida, el reproductor se cierra e impide que continúe la reproducción del flash.
<table bgcolor=black border=1 bordercolor=white cellspacing=0 cellpadding=10><tr><td><img src="http://www.terra.es/personal5/ucanca/yes.jpg"></td></tr></table>