lo primero que debes hacer es asegurarte que los parámetros están llegando, haz que se impriman en pantalla:
Código:
include("sql.php");
// Esta id viene por un campo oculto
$id=$HTTP_POST_VARS['id'];
//ver si $id toma valor
echo $id;
// La referencia que viene por un campo oculto
$referencia_nueva = $HTTP_POST_VARS['ref'];
//ver si ref toma valor
echo $referencia_nueva
$res=mysql_db_query("base","update tabla SET referencia='$referencia_nueva' where id='$id' ")or die(mysql_error());
mysql_close($con);
header ('location: actualizar.php');
TE devuelve algun error??