Has probado con esto, lo he encontrado en otro post de este foro:
Cita: por fin encontre el problema para windows 2003 lo que debemos hacer es darle permisos al ejecutable cmd.exe que esta en c:/windows/system32 el permiso debe ser de todos con las opciones de lectura y ejecucion.
despues verificamos que la carpeta donde tenemos nuestro .bat que para mi caso era c:/cartera tenga permisos para el usuario anonimo de ISS.
Lo explica para un bat, pero digo yo que el exe será igual... es lo único que se me ocurre. Yo voy a probarlo, ya te comento pues estoy buscando también poder ejecutar un exe.