Deberías usar rutas absolutas para tus scripts (Código PHP) completas ... tipo:
include("
/var/www/sitio1/directorio/script.php");
O ayudandote de las variables tipo: $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] que te devuelven la ruta absoluta hasta tu servidor virtual en ese servidor (lo marcado en
rojo)
Para el caso de las imagenes, js externos y css entre otras cosas tendrías que usar rutas relativas completas:
http://www.tusitio.tal/imagenes/talcosa.jpg
Para esto te puedes ayudar de otras variables para obtener esas rutas (por si mueves tu aplicación de servidor .. o haces pruebas en "local" (en tu casa con tu PC de "servidor") y luego lo subes todo a un servidor X.
http://www.php.net/reserved.variables
De esta forma te olvidaras de donde (en que sub-directorio o directorio) llamas a tu contenido: tanto scripts PHP como otras cosas: CSS, JS externos .. imagenes .. etc.
Un saludo,