Claro que puedes, crea un archivo de nombre codigo.php y pone este header
Código PHP:
<?php header(Content-type: text/javascript); ?>
Luego pones el código javascript con el php que necesites
Código PHP:
var pepe = '<?php echo $variable ?>';
Y lo incluyes normalmente como javascript
<script type="text/javascript" src="codigo.php"></script>