1- Con el Canopus es simple, o con algún editor de video.
2- Pueses solamente cambiar la extensión al .vob por .mpg y usar el TMPGEnc, y si algún video tiene una parte en negro, entonces con las tools lo recortas (determinas un punto de finalización, hablé de eso hace unos días por aquí).
3- Ni idea, solo te pasa en ese formato de salida? o en cualquiera?
Ups!