No sé si es una chapuza pero así no me da el problema.
Yo tenia: echo "<a href=index.php?modul=perfils&user=".$_SESSION['user'].">".$_SESSION['user']."</a>";
Y lo he substituido por
echo <a href=index.php?modul=perfils&user=".str_replace(" ","%20",$_SESSION['user']).">".$_SESSION['user']."</a>"
Así me guarda el link con el %20 si hay un espacio y parece que me funciona.
Gracias y perdonen por haber publicado el problema sin antes pensar un poco. Hay que reconocer que a veces da pereza