PHP dispone de funciones para que crees un cliente FTP con tus scripts PHP.
www.php.net/ftp
Lo que no puede hacer PHP con esas funciones directamente es crear "cuentas" en un servidor FTP .. me refiero a la cuenta en sí y sus propiedades: usuario/contraseña, directorios asignado, quotas y demás ..
No sé si realmente necesitas acceso FTP a esas "carpetas" por un cliente de FTP clásico y cualquiera .. o bien sólo un sistema de administración de archivos vía web .. En ese caso, sea una conexión FTP en sí o por HTTP sólo la administración de tus usuarios .. y demás propiedades podrías controlarlo todo con PHP (siempre y cuando esos archivos se accedan sólo con tu aplicación ...).
Ejemplos de ese tipo de aplicaciones que te comento las tienes en:
http://www.hotscripts.com/PHP/Script...ent/index.html
Un saludo,