LA clonación disco a disco tiene sus riesgos debido a que puede haber confusión entre el disco orígen y el disco destino, para minimizar esta posibilidad, es recomendable ponerle etiquetas a las particiones del disco orígen para que queden mas claramente identificadas.
Como clonador de dico completo, una buena alternativa es el "Acronis migrate easy" , programa especializado para estos fines y permite minimizar los riesgos de una mala operación.
http://acronis-migrate-easy.softonic.com/ie/20431