En principio "sirven" para lo mismo: registrar una variable de sesión.
 
pero .. Session_register() está obsoleto (desde PHP 4.2.x si mal no recuerdo) y por NINGÚN motivo se debe mezclar si usas y accedes a los arrays asociativos: $_SESSION. 
Por tu seguridad y compatibilidad .. usa el array $_SESSION .. en conjunto con session_start() (para iniciar el uso de sesiones):  
 Código PHP:
    <?php 
session_start();
if(empty($_SESSION["autenticado"])){ 
header("Location: autenticar.php"); 
    exit(); 
} 
?>    
  
Un saludo,