Lo he entendido (al por lo menos eso creo).
Quieres decir que la consulta, en si misma, tendrá un tiempo determinado de ejecución, dependiendo de las orientaciones que has expuesto arriba, y que por lo que veo influye sobre todo el especificar bien los campos que queremos consultar (y que se puede hacer el SELECT por el orden que están los campos en la Base de Datos).
Y posteriormente se visualizan mediante PHP en el orden que queramos.
¿Es así?