Para trabajar con cookies tenés la superglobal $_COOKIES, usándola podés crear y leer cookies. Ahora, si necesitás especificar la duración de la misma o demás parámetros, podés usar setcookie para crearla (
http://php.net/setcookie).
Para pasar valores desde javascript a php podés hacerlo justamente a través de una cookie o pasando el valor por url (quizás haya otros medios). Tené en cuenta que primero se ejecuta php y después javascript, por lo que la página que crea las variables con javascript tiene que ejecutarse antes que la que las toma con php para que funcione.
Suerte
Fede