Podés usar igualmente wmode pese a la nueva manera de incrustación. No tiene nada que ver una cosa con la otra. De hecho yo ya lo he usado sin problemas.
Inclusive la incrustación de cualquier swf podés hacerla como siempre y antes del cierre del tag body hacés una llamada a un archivo javascript externo que contenga el siguiente código:
Código:
objects = document.getElementsByTagName("object");
for (var i = 0; i < objects.length; i++){objects[i].outerHTML = objects[i].outerHTML;}
y con eso solventás el problema de las últimas actualizaciones de Explorer.