Lo de la pila de la placa base no influye en los archivos guardados en el disco duro, pero si que influye para mantener la configuración de la bios de la placa base y de la fecha y hora del sistema.
¿Tienes instalado algún programa congelador? tipo DeepFreeze
¿El ordenador tiene instalada alguna tarjeta tipo custodious?
¿El ordenador tiene alguna función de restauración del sistema desde el inicio (Compaq, hp...)?
¿Hay algun cd de arranque olvidado dentro? (no es broma, parece una tontería pero es una posibilidad

)
Salu2