Tratá de usar SIEMPRE dos subdominios...
Siempre va a ser mejor porque estas diferenciando mas especificamente.
Yo usaría el el root del dominio, por ej:
http://midominio.com/ (con el idioma principal)
http://en.midominio.com/ (con el secundario)
Con eso dario mayor relevancia a mi idioma principal, mientras que el segundo posee un peso importante ya que fue diferenciado como subdominio.
Espero se haya entendido!
Faq