Pero .. estás aplicado mal las funciones ..
System() por lo menos el 2° parámetros no devuelve el "error" sino el resultado (lo que verías si ejecutas el comando en la "shell" directo).
Toma el ejemplo de PHP.net al respecto:
www.php.net/system
La función exec() tiene dos parámetros más .. en uno devuelve un array con lo que la "consola" (shell) arrojaría y en otro un código de error ..
Te recomendaría usar exec() pero completa:
www.php.net/exec
Y .. "ojo" con lo que la ejecución de ese ".exe" devuelva por qué si es un "binario" (o lo podría ser) la función adecuada sería:
passthru()
Ojo también con los parámetros que pasas a esas funciones .. tal vez te haga falta usar:
escapeshellcmd()
Un saludo,