Tal vez falten las comillas porque javascript sin ellas quiera interpretar los datos que pones como variables.
Código PHP:
<?php
echo '<td width="20" align="left" class="tablatexto" align="center" valign="top"><a href="incidencias.php?zona='.urlencode("$zona").'" target="_blank" onclick=\'javascript:window.open("incidencias.php?zona='.urlencode("$zona").'","Incidencias","height=10 width=10,location=no,menubar=no,status=no,toolbar= no");return false;\'>'.$linea3["incidencias_ver"].'</a></td></tr>';
?>
EDITO: El sr Azrael666 ha dao una explicación más amplia, jejeje.