Si, trabajas en windows?
Puedes hacerlo a traves del comando mysqldump, o crear un script php que haga el trabajo. Con el script php tienes la posibilidad de crear el zip. En el foro de php tienes el script hecho, ejemplo este:
http://www.forosdelweb.com/showthrea...highlight=dump
Ya sea el comando o el script deben ser llamados desde una tarea programada, en windows. Si usas linux, es lo mismo, excepto que se llaman cron jobs.