Ok, ..
En $fecha que valor introduces ... (atendiendo que el campo es "datetime" y que guarda fecha + hora) .. Si introduces una fecha (sin hora, con el formato adecuado que Mysql gestiona yyyy-mm-dd) el hecho de "truncar" sería quedarte con la "fecha" o comparar sólo con la "fecha" de una fecha+hora dada .. Para eso puedes usar las funciones de SQL de Mysql para tal fin (y así no tener que recurrir a los % y tratar el tema como "cadenas" que realemnte no deberías hacerlo).
Código PHP:
$sql="SELECT * FROM clipping WHERE cuadrante LIKE '%$valor_esc' AND time >= DATE('".$fecha1."') AND time <= DATE('".$fecha2."')";
(ojo: DATE() está disponible desde MySQL 4.1.1. si usas versiones anteriores .. usa DATE_FORMAT() ..)
más info:
http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/...functions.html
Un saludo,