Una aplicación de pago pero excelente sería:
Navicat
www.navicat.com
Tiene versiones para Windows y Linux.
Por otro lado y gratuito .. si usas PHP en tus servidores (y un servidor HTTP por supuesto) podrías usar el famoso GUI:
phpMyadmin
http://www.phpmyadmin.net
Tienes otros escritos en Java y algunos para X (Gnome/KDE)
Por ejemplo:
DB Designer
http://www.fabforce.net/dbdesigner4/
(muy bueno sobre todo para diseñar la BBDD .. no tan "manejable" tal vez como administrador en general .. pero sirve igual).
Un saludo,