Para leer un directorio usas la funcion opendir().
http://www.php.net/manual/es/function.opendir.php
Para recorrer el directorio y obtener datos de los archivos usas la funcion readdir().
http://www.php.net/manual/es/function.readdir.php
A medida que obtienes el nombre de cada archivo creas checkbox para elegir los archivos, asi:
Código PHP:
<?php
$dir=opendir("ruta");
while($archivo=readdir($dir))
{
?>
<input type="checkbox" name="archivo[]" value="<?php echo $archivo;?>">
<label><?php echo $archivo;?></label>
<?php
}
?>
Una vez seleccionados los archivos pinchando en los checkbox y hecho el submit creas los links, asi:
Código PHP:
<?php
foreach ($_POST['archivo'] as $archivo)
{
?>
<a href="ruta/<?php echo $archivo;?>"><?php echo $archivo;?></a>
<?php
}
?>