Si no sacas el campo s.h_inicio prueba con esta a ver:
Código:
SELECT s.idinst, c.nombre, max( s.sec ) as maxSec, max( s.fecha ) as Fecha , c.direccion
FROM instalaciones s, comercios c
WHERE s.idcomercio = c.idcomercio
AND fecha IS NOT NULL
GROUP BY s.idinst, c.nombre,c.direccion
ORDER BY fecha DESC
Si no puedes actualizar la version de MySQL, puedes mirar de hacer la subconsulta la guardas en una tabla temporal y haces la otra SQL. He visto que en MySQL hay TEMPORARY TABLE, para crear tablas temporales, pero no se como se utilizan, si alguien lo ha hecho que comente algo.
Otra opción sería lanzar la subconsulta, leerla en PHP, y en base a los resultados obtenidos montar el WHERE para la segunda Consulta.
Cualquiera de estas opciones es un trabajo...