Pues que una consulta sea lenta depende de mucho factores, por lo que veo la parte de harware esta bien, otro factor puede ser la cantidad de data que manejes, y la mas comun es la construción de la consulta.
Mysql tiene un comando llamado explain que te sugiere como pudes optimizar tu consulta.
puedes usarlo de esta manera
explain SELECT * FROM (Fecha RIGHT JOIN objetivos ON (fecha.Mes = objetivos.mes) AND (fecha.Ano = objetivos.ano) ) LEFT JOIN Facturacion ON objetivos.codigo = facturacion.codigo where facturacion.tipo < 5 and objetivos.tipo <> 9
a qui te dejo un enlace
http://www.mysql-hispano.org/page.php?id=29&pag=8
Saludos!