Para hacer eso puedes usar un programa llamado Rejig, que por un lado le metes uno o varios VOB y por otro te saca el vídeo y el audio separados, que es más fácil para luego editarlos y sincronizarlos. También hace lo mismo el DVDLab pro, aunque éste sirve para muchas más cosas... incluso te permitiría una vez editado vídeo y audio, volver a unirlos y generar un nuevo VOB.
Saludos