Algo que te puede ayudar:
http://phpsec.org/projects/guide/
Trata la mayoría de temas de seguridad ..
Recuerda en general que no debes a veces buscar tanto "seguridad en PHP" sino de entender por "donde llegan los datos" .. o "donde quedan o se ejecutan tus scripts" .. Para que busques información sobre como configurar en forma segura (o hacer pruebas) a tu servidor .. o estudies sobre protocolos .. etc.
En general cuanto más sepas como funciona el médio en que estas .. tu mismo iras detectando posibles problemas de seguridad.
Un saludo,