Si que es raro, yo pienso que es un error de interpretación, en el formulario para sugerir URL dice:
Cita: - No está permitido disfrazar un envío y enviar la misma dirección URL varias veces. Por ejemplo http//www.dmoz.org y http//www.dmoz.org/index.html.
Sólo se refiere a que no envíes la URL base del dominio y que también envíes la URL con el archivo correspondiente a la página principal del sitio porque son lo mismo y no se debe enviar varias veces el mismo sitio aunque tenga diversas URL.
En cuanto a los subdominios, lo mismo, si es un sitio independiente no hay problema en que lo envíes, de lo contrario, por ejemplo, sería imposible listar los cientos de sitios de iespana.es que están alojados bajo subdominios.
Un saludo.