el include lo que te hace es meterte el codigo en la pagina principal... al hacer el:
<a href="./index.php">index</a>
abres el index.php que esta en la carpeta del archivo principal (/archivos/arc.php):
http://localhost/carpeta/archivos/index.php
para que te abriese el de la anterior el link tendria que ser:
<a href="../index.php">index</a>
aunque yo pondría algo asi para los links
<?
$servidor=$_SERVER['HTTP_HOST'];
$url_web='http://'.$servidor;
echo "<a href=\"".$url_web."/index.php\">index</a>"
?>
asi te pilla desde el raiz y puede que no te salgan esos problemas..