No, si lo ponés en el .htaccess, redirigirá cualquier intento de acceso a la carpeta, sea al archivo que sea.
Te recomiendo una visita a
http://httpd.apache.org/
Y que luego vayas al enlace "documentation", elijas la versión que estás usando, y te fijes ahí. No te preocupes por el idioma, te aparecerá en español.
Saludos.