PHP tiene su grupo de funciones para trabajar con directorios y archivos del sistema de archivos:
www.php.net/dir
Lo que haces bajo "system()" es una llamada a un comando del S.O. de tu servidor ... (consola, shell). Los permisos para ejecutar esos comandos dependerán del comando que uses .. y del "shell" que tenga el usuario que usa PHP (o si corre bajo Apache el que use este).
Por compatibilidad usa las funciones de PHP para trabajar con archivos, si usas las del sistema te fuerzas a determinado S.O. del servidor.
Un saludo,