para eso debes usar php+ftp son mas conocidos comos los webftp
el que se conecta al servidor ftp es el server donde esta alojada la pagina. Ten cuidado habeses no funciona por que el usuario no esta autorizado para ejecutar el comando ftp desde el server. Para mas informacion te recomiendo:
http://cl2.php.net/manual/es/ref.ftp.php