En Windows he agregado esta libreria
http://pecl4win.php.net/ext.php/php_ibm_db2.dll
y me toma las funciones de db2 como por ejemplo db2_pconnect()
ahora queda probar en linux si estas instrucciones son correctas
./configure --with-apxs=/usr/local/apache/bin/apxs --with-pgsql --with-mysql --with-ibm-db2=/usr/IBMdb2/V7.1
make
make install
una pregunta es: es necesario volver a compilar el php?