Pregunta: ¿Como puedo quitar el problema del click para activar en Internet Explorer? 
Respuesta:Solo debes descargar este archivo JS (javascript): 
activateActiveX.js que deberás subir junto con tu html y en tu pagina donde esta el swf solo metes esto: 
Código:
 <script type="text/javascript" src="activateActiveX.js"></script>
  
Y ya tendrás activados los ActiveX... Ya todo como antes.