El problema es que los "comandos" a los que te refieres son muy variados. Por ejemplo, las instrucciones del intérprete de comandos (algo así como el COMMAND.COM de Windows) están explicadas en el
Bash-Prog-Intro-HOWTO. Pero "dpkg" o "gcc" son programas distintos; el primero es el sistema de paquetes usado por Debian/Ubuntu/Kubuntu/otros, mientras que gcc es un compilador de C.
En tu caso, la
Guía Ubuntu debería ser útil.