En el caso de IE 6.0, si usas como doctype XHTML 1.0 (en cualquiera de sus versiones, y sin prólogo XML), no deberías tener problemas, pero en caso contrario, IE renderiza la página en modo "quirks", que es cuando utiliza el modelo de caja no estandar:
Aquí tienes toda la información (en inglés)
http://www.quirksmode.org/css/box.html