Hola, llevo tiempo intentandolo y nada. He estado probando esto y no me sale, no se si porque no se escribe así o es que no puede funcionar.
Código PHP:
<?php if (comprobar()) {echo 'onsubmit='.'"return confirmar()"';}?>
Donde comprobar en una función php que devuelve true si el archivo ya existe y false en caso contrario. Y confirmar() es la función javascript.