Hola oSo :)
En las propiedades del IIS hay una pestaña de seguridad.
Allí habilitá alguno de los métodos de autenticación que te ofrece.
En las carpetas web, usá la seguridad NTFS.
Cuando un usuario quiera acceder desde la web a una carpeta sobre la que no tiene derechos, le aparecerá una ventana para ingresar un usuario y una conraseña, si ingresa los de un usuario con derechos sobre esa carpeta la podrá ver.
Suerte ;)
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