Vía cabeceras HTTP sólo es posible descargar un archio por cabecera (por proceso).
Si quieres descargar una "carpeta" (directorio) .. te recomendaría comprimirlo (en un .zip) y de ahí entregarlo a descargar como lo haces ahora con los archivos "sueltos".
Ejemplos que te pueden servir para generar tu .Zip:
http://www.zend.com/zend/spotlight/c...1&anc=0&view=1
En
www.phpclasses.org tambien tienes más classes para generar .zip (y otros formatos de archivos comprimidos).
Un saludo,