Puede usar la siguiente funcion..:
<script language="JavaScript">
function Abrir(url, name)
{
popupwin = window.open(ul, name,'scrolling, resizable, width=300 height=200')
}
</script>
y en tu a href hace algo así...
<a href="javascript
:Abrir('pagina.html','titulo' )"> Mi PopUp
y con esto abres una ventana aparte..
espero haya sido claro..!!
Saludos..
<html><center><embed src="http://www.angelfire.com/on/cobainss/Movie1.swf" height=80 width=200><BR></embed></center></html>