Expón el código que usas . .para ver como llamas a tus elementos dinámicos (o como los generas).
Lo más "saludable" es que los generes tipo "array", .. es decir, como muestra esta FAQ:
http://www.forosdelweb.com/showthrea...710#post518710
La FAQ gestiona un sólo "checkbox" .. si tienes más datos asociados .. indicalo (se verá en el código tuyo que expongas).
Un saludo,