Hay un detalle que estás olvidando y que puede ser la causa de tu problema:
Cita:
Iniciado por www.php.net/file Nota: Cada línea en la matriz resultante incluye el final de línea, así que aun necesita usar rtrim() si no quiere conservar el final de línea.
O sea, probá si te funciona el código sustituyendo $lista por rtrim($lista)
Saludos.