Alvin posteo la solucion correcta solo que debes de aplicar el rtrim o trim a cada palabra, lo que tu deberias de hacer es algo asi:
Código PHP:
$string = "palabra";
$lista = file("listado.txt");
foreach( $lista as $palabra ) {
$palabra = trim( $palabra );
if( $palabra == $string ) {
die( "Se encuentra" );
}
}
die( "No se encuentra" );